岑长倩早年父母双亡，由叔父岑文本抚养。曾任兵部侍郎，永淳元年（682年）四月，岑长倩进同中书门下平章事，参与朝政。垂拱年间，自夏官尚书（即兵部尚书）迁为内史。垂拱四年（688年），李唐宗室起兵反武则天，岑长倩出任武则天后军大总管，征讨越王李贞，获胜。天授元年（690年），岑长倩拜为文昌右相，封邓国公，权势仅在武承嗣之下。天授二年（691年），加岑长倩特进、辅国大将军。

同年，凤阁舍人张嘉福与洛州人王庆之等列名上表，请立武承嗣为皇太子，岑长倩认为皇嗣（时为李旦）已在东宫，不可更立，拒不在奏表上署名，并奏请查办上表者，因此得罪武承嗣及族人。加之他反对武则天诏天下建大云寺，有忤武氏，遂罢相，出任武威道行军大总管，远征吐蕃。未达前线就被召回，下狱，酷吏来俊臣胁诬其与地官尚书路辅元、纳言欧阳通等谋反。岑长倩被诛杀。五子同时遇害。

景云元年（710年），睿宗李旦复位，追复岑长倩官爵，备礼改葬。