官宦世家出身，父亲纪容舒是著名的考据学家，做过京官。纪昀自幼聪颖过人，有“神童”之称。

清高宗乾隆十二年（1747年）乡试解元，乾隆十九年（1754年）中进士，入选翰林院庶吉士。散馆授编修，迁左春坊左庶子。京察后，授贵州都匀府知府。因乾隆帝赏识其学问，加四品衔，留任庶子。不久，升翰林院侍读学士。

乾隆三十三年（1768年）因给亲家卢见曾通风报信而卷入盐政亏空案被发配新疆乌鲁木齐[1]，于沿途积极与当地人交流，曰“如是我闻”，写了不少的作品，后整理成册，即为著名的《阅微草堂笔记》。纪昀反对理学，《阅微草堂笔记》和《四库全书总目提要》中有相当深刻的反映。

二年后因乾隆帝修书需要，由刘统勋荐举，将其从新疆召回，于乾隆三十八年（1773年）起，任《四库全书》馆的总纂官，收书三千五百零三种，共七万九千三百三十七卷；又修《四库全书总目提要》、《热河志》。历任编修、左庶子、兵部侍郎、左都御史、礼部侍郎、尚书。