正光元年（520年），其父清河王元怿被元叉谋害死，元怿的幼弟汝南王元悦向元亶索取元怿的服饰和古玩，因未按时送去，送去的又不合元悦的心意，元悦打了元亶一百大杖，几乎把元亶打死。灵太后除掉元乂后，命元亶袭封清河王，将堂侄女胡智嫁给元亶。

中兴二年（532年）五月十六，北魏孝武帝元修任命清河王元亶为司徒。永熙三年（534年），孝武帝不堪高欢逼迫，西投宇文泰，元亶在途中退回洛阳。高欢于是推举元亶为大司马，居尚书省摄政。元亶认为高欢一定会拥立他做皇帝的，出入排场都是按皇帝的。

丞相高欢到达洛阳，借口孝昌年间以来，皇位传承辈分次序混乱，孝武帝、元亶都是孝文帝的孙子。十月十七，高欢于是拥立元亶十一岁的嫡长子元善见为皇帝，迁都邺城，是为东魏。元亶不安，骑轻装快马南奔，高欢追赶上去，劝回了他。天平三年十二月初六（537年1月2日），大司马、清河王元亶去世，谥号文宣。