建武元年（494年），齐明帝登基后，萧宝义被封为持节、都督扬南徐州军事、前将军、扬州刺史。封为晋安郡王，食邑三千户。因萧宝义不堪与别人会面，故止于加除授，以始安王萧遥光代行其职务。萧遥光主动请求辞去南徐州都督，获准。后转萧宝义为右将军，领兵置佐，镇守石头城。

建武二年（495年），出为使持节、都督南徐州军事、镇北将军、南徐州刺史。其嫡弟东昏侯萧宝卷即位后，进位为征北大将军，开府仪同三司，赐给仪仗。永元元年（499年），给班剑二十人。始安王萧遥光被诛后，为都督扬南徐二州军事、骠骑大将军、扬州刺史，持节如故。东府被兵火，屋宇烧残，萧宝卷当时建营宫殿，没有时间修葺。萧宝义镇守西州。

永元三年（501年），进位为司徒。齐和帝建成西台，以萧宝义为侍中、司空，使持节、都督、刺史如故。梁王萧衍平定京邑后，宣德太后下令以萧宝义为太尉，领司徒之位。下诏曰：“不言之化，形于自远。”当时的人皆说此为实录。

梁武帝受禅后，因萧宝义是聋哑人，没有政治威胁力，就没有伤害他性命，封他为谢沐县公。在被废为巴陵郡王的萧宝融死后，梁武帝再封萧宝义为巴陵郡王，以奉养齐祀。天监八年七月癸巳（509年8月18日）薨，谥隐王。儿子萧屏袭封巴陵郡王。