永明年间萧昭秀被封为曲江公，食邑一千五百户。永明十年（492年），封为宁朔将军、济阳太守。永明十一年（493年）其长兄郁林王萧昭业即位后，封萧昭秀为临海郡王，食邑二千户。隆昌元年（494年）正月，为使持节、都督荆、雍、益、宁、梁、南北秦七州军事、西中郎将、拜荆州刺史。延兴元年（494年），海陵王萧昭文继位后，征为车骑将军，负责守卫京师，以永嘉王萧昭粲代其职务。

建武二年（495年），通直常侍庾昙隆启奏：“周定雒邑，天子置畿内之民；汉都咸阳，三辅为社稷之卫。中晋南迁，事移威弛，近郡名邦，多有国食。宋武创业，依拟古典，神州部内，不复别封。而孝武末年，分树宠子，苟申私爱，有乖训准。隆昌之元，特开母弟之贵，窃谓非古。圣明御宇，礼旧为先，畿内限断，宜遵昔制，赐茅授土，一出外州。”齐明帝萧鸾下诏交付尚书详细建议。当年冬天，便改封萧昭秀为巴陵王。

永泰元年（498年），齐明帝病重，遂杀害萧昭秀及其弟萧昭粲，萧昭秀死时只有十六岁。