沈君理字仲伦，吴兴人，他有优美的风度仪表，广泛地涉猎经典史籍，有高明的见识。以出任湘东王法曹参军起家。陈霸先镇守南徐州时，沈巡派选君理自东阳前去晋见高祖，陈霸先看重他，命令娶会稽长公主为妻，征召为府西曹掾。稍加提升任中卫豫章王从事中郎，接着加官明威将军，兼尚书吏部侍郎。

升任给事黄门侍郎，监理吴郡政事。高祖接受禅让后，任命为驸马都尉，封永安亭侯。调出朝廷任吴郡太守。这时战争没有停止，百姓生活在饥荒凋敝中，军队和国家所用的，都由国家东边的地域供给，沈君理召集士兵，修造整理器械，属下民众乐意归附，以十分能干会办事著称。

陈文帝陈蒨继位，征召为侍中，升任代理左民尚书，没有到任，任明威将军、丹阳尹。天嘉三年（562），重新任命为左民尚书，领步兵校尉，接着改任前军将军。天嘉四年（563），侯安都迁移镇守江州，沈君理以本身官职监理南徐州政事。天嘉六年（566），调出朝廷任仁威将军、东阳太守。天康元年（566），因为父亲逝世去职。沈君理因此自己请求前往荆州迎接丧柩，朝廷议论认为在位的重臣，不便让他出境，于是派遣长兄沈君严前往了。等到回来，将要安葬，诏令赠给沈巡侍中、领军将军的官衔，谧号叫做敬子。这年起用沈君理为信威将军、左卫将军。又起用为持节、都督东衡衡二州诸军事、仁威将军、东衡州刺史，领始兴内史。又起用为明威将军、中书令。前后夺情三次，都不就任。

太建元年（569），服丧期满，任命为太子詹事，管理东宫事务，升任吏部尚书。太建二年（570），高宗因沈君理的女儿做皇太子的妃子，赐给沈君理望蔡县侯的爵位，食邑五百户。太建四年（572），加官侍中。

太建五年（573），升任尚书右仆射，领吏部，侍中职务依旧担任。这年有病，皇上亲临探枧，九月去世，当时年纪四十九岁。诏令赠给侍中、太子少傅的官衔。丧事所需要的，随所用供给。重新赠给翊左将军、开府仪同三司的官衔，侍中官衔依旧保有。谧号叫做贞宪。