朱超石的家族世代担任将帅。祖父朱腾，任建威将军、吴国内史。伯父朱宪及朱斌，都是西中郎将袁真的将佐。朱宪任梁国内史，朱斌任汝南内史。大司马桓温在寿阳讨伐袁真时，袁真认为朱宪兄弟俩暗地里勾结桓温，就把他们处死。朱龄石的父亲朱绰逃走，归降桓温，作战时经常带头冲锋，不怕牺牲。寿阳平定后，袁真已经去世，朱绰擅自打开袁真的棺材，斩戮死尸，桓温发怒，将要把他斩首，桓温的弟弟桓冲苦苦求情，朱绰才得以免死。朱绰为人忠义刚烈，因为受了桓冲的再生之恩，事奉桓冲就和事奉父亲一样。担任桓冲的车骑军事、西阳广平太守。东晋太元九年（384年），桓冲去世，朱绰哭泣呕血而死。 

朱超石与兄长朱龄石都果敢勇锐，善于骑术，虽然出身武将家庭，兄弟俩都擅长写书信。桓谦任卫将军时，以朱超石补任行参军，又任何无忌的辅国右军军事。 

义熙六年（410年）正月，广州刺史卢循反叛，侵犯江州。 三月二十日，时任镇南将军、江州刺史的何无忌与卢循军在豫章交战，被卢循的部将徐道覆打败，何无忌战死。 而当时随军的朱超石被徐道覆所俘获，徐道覆任用他担任自己的参军。徐道覆军至石头时，朱超石说动同船的人，驾着一条船逃归侍中、车骑将军刘裕，刘裕非常高兴，任他为徐州主簿。朱超石收取并迎回桓谦的尸体，亲自营办殡葬之事。后朱超石升任车骑参军事、尚书都官郎，不久，又补任中兵参军、宁朔将军、沛郡太守。 

义熙八年（412年）九月二十二日，刘裕率军讨伐叛逆的刘毅，派朱超石率领步兵、骑兵到江陵，朱超石还未到达江陵，刘裕的参军王镇恶就攻陷江陵城，刘毅自杀 ，叛乱被平定。 

义熙十一年（415年）正月，荆州刺史马休之">司马休之、雍州刺史鲁宗之都率兵暗自背叛刘裕，刘裕于是率军讨伐马休之">司马休之等人 ，派朱超石与冠军将军檀道济率步兵到大薄，鲁宗之听到朱超石将到，亲自率领军队抵抗，未及交战而江陵已经平定。朱超石随从檀道济到襄阳，领新野太守，追击鲁宗之到南阳后返回。 

义熙十二年（416年），刘裕北伐北魏，朱超石担任前锋进入黄河。北魏明元帝拓跋嗣派遣黄门郎娥清、冀州刺史安平公乙旃眷、襄州刺史长孙道生、青州刺史阿薄干，率领步兵、骑兵十万人，驻扎在黄河北面，经常有数千名骑兵沿着河岸跟着东晋大军进止。当时晋军沿着黄河南岸，拉着百丈长的纤索，黄河水流快速猛急，有漂渡北岸的人，就被魏军杀害。朱超石所派部队刚刚过北岸，魏军就退走，部队退回，魏军立即又攻向东来。刘裕于是派随军卫队的队主丁旿率领七百人和一百辆战车，在距水一百多步远的黄河北岸上，布成却月阵，两头围绕黄河，每辆战车配置七名仗士，布阵完毕，命人竖起一面白旗。魏军见数百人步行拉车而上，弄不清晋军要干什么，便都没有行动。 

刘裕在布阵之先，命令朱超石率两千人严密戒备，白旗一举起，朱超石就驰马奔往，来到阵前，并且带着一百张大型弩弓，每一战车增加二十人，在车辕上设置盾牌。魏军见晋军营垒阵势已经设立，于是进兵围攻营垒，朱超石先用软弓小箭射击魏军，魏军认为晋军人少兵弱，就四面八方一起到来。拓跋嗣又派遣南平公拓跋嵩率领三万骑兵来到战场，肉搏进攻晋营。于是晋军所有的强弓利箭同时发射，又挑选射箭的能手，集中射向魏军。魏军人数很多，弩弓不能制止他们的进攻。朱超石刚出发的时候，另外带了大锤和一千多根长矛，于是把长矛折断成三四尺长，用大锤锤击断矛，发射出去。一记断矛，都能洞穿三四名魏军。魏军兵众不能抵挡，一下子奔逃溃散，在交战中将阿薄干斩首，魏军退回半城。朱超石率领胡藩、刘荣祖等随后追击，又被魏军包围，奋力战了一整天，杀死的魏军数以千计，魏军于是败退逃走。刘裕又派遣振武将军徐猗之率五千人向越骑城进军，魏军包围了徐猗之，用长戟结成阵势。朱超石援军还没有到达，魏军已四散奔逃。大军前进，攻克蒲坂，任朱超石为河东太守，戍守其地。魏军因朱超石守兵不多，又回转来进攻蒲坂城，朱超石战败退兵，好几天才赶上大军。 

刘裕从长安返回江东时，朱超石经常命人从水路到彭城和刘裕联系，被任命为中书侍郎，封兴平县五等侯。 

义熙十四年（418年），关中动乱，刘裕派遣朱超石慰劳河、洛将士。同年十一月，朱超石刚到蒲坂，当时胡夏皇帝赫连勃勃在青泥以北打败晋军。朱超石的哥哥朱龄石焚烧长安的宫殿，率领全城人逃奔潼关。 龙骧将军王敬先戍守曹公垒，朱龄石从潼关率领剩下的部众向王敬先靠拢时与朱超石相遇，由于夏军切断了水源，兵众口渴不能作战，曹公垒被攻陷，朱超石与朱龄石、王敬先都被夏军俘获到长安，并被杀害，朱超石死时三十七岁。 

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