干宝出身于官宦之家，他的祖父干统是三国时期东吴官员，官至奋武将军，封都亭侯；父亲干莹亦是东吴官员，官至丹阳县丞。 

干宝从小勤奋好学，博览群书，凭借才气受到朝廷的征召授职，担任佐著作郎。建兴三年（315年），干宝因参与平定杜弢之乱有功，朝廷赏赐给他关内侯的爵位。 

建武元年（317年），当时是东晋建立初期，没有设置史官，中书监王导上书说：“大凡帝王的事迹，必定要记载下来，写成典籍，永远流传后世。宣皇帝平定四海，武皇帝顺应天命，接受曹魏的禅让，大功大德，足以同古代圣君贤王相比，但他们的传纪不见于朝廷府库，他们的恩德未被谱写成乐歌。陛下圣明，为一代中兴之君，应着手建立国史，撰写帝王本纪，上陈祖宗的伟绩，下记将相辅佐之功，务必照实记述，为后代树立准则，满足举国的愿望，使人神欢愉，这无疑是天下长治久安的根本。因此应设置史官，诏令佐著作郎干宝等逐步撰写集录。”晋元帝司马睿采纳此建议。于是，干宝开始负责国史的撰写。当时干宝因家庭贫困，请求出任山阴（今浙江绍兴）县令，后改任始安（今广西桂林）太守。 

太宁元年（323年），王导请干宝担任其司徒右长史，升任散骑常侍。著写《晋纪》，自晋宣帝至晋愍帝前后五十三年，共二十卷，进献朝廷。该书简略明了，直书史实，又能做到语气委婉，人们都称赞干宝是位好史官。 

咸和元年（326年），母桓氏卒，葬灵泉里西南隅，干宝辞官为母守孝。

咸和四年（329年），服阕回朝。

永和元年（345年），干宝致仕。

永和七年（351年）秋天，干宝去世，葬于灵泉里后花园。朝廷特加尚书令，从祀学宫。