崇祯年间统兵在宿松、庐州、六安一带同义军作战，升任总兵官。崇祯十年，同总兵牟文绶击溃罗汝才部下摇天动二十余万人。崇祯十五年，同凤阳总兵黄得功大败张献忠于潜山。

1644年李自成入北京，南京兵部尚书史可法欲立潞王朱常淓，刘良佐与凤阳总督马士英、总兵刘泽清、黄得功、高杰拥立福王朱由崧。南明时与黄得功、刘泽清、高杰同列为四镇，封广昌伯，专辖凤、寿，驻临淮，经理陈、杞一路。黄得功、刘泽清、高杰争驻扬州，高杰先至，大杀掠。刘泽清大掠淮上。临淮不接纳刘良佐，也被劫掠，史可法亲自进行调解，四镇才都听命南明朝廷。

高杰欲进军河南，收复中原，调刘良佐赴徐州作为声援。后诸军缺少粮饷，而清军准备南下，授命与黄得功进行扼守。

清顺治二年（1645），豫亲王多铎率军下江南，福王被擒，刘良佐以兵十万来降，随清军进攻丹阳、金坛、江阴。

闰六月下旬，良佐部兵数万包围江阴县城，屡攻不利，良佐亲作《劝民歌》，希望江阴投降，守将阎应元不从。八月廿一，清军集中红衣大炮轰击城，江阴失守。陈明遇巷战而死，阎应元自尽。良佐曾劝降黄得功，得功中箭骤逝，以功隶汉军镶黄旗。

顺治五年（1648）封二等子爵，随征南大将军谭泰剿叛镇金声桓、王得仁于江西，平之，授散秩大臣。顺治十八年（166）正月，授江南江安提督，加总管衔。后调任直隶，去总管衔，改左都督。

康熙五年（1666），因病休致。六年，卒；赐祭葬如例。