马齐生于世宦之家，是顺治朝内大臣哈什屯之孙，康熙朝户部尚书、首议撤藩的大臣米思翰的次子。马齐的祖父哈什屯原为满洲正蓝旗人，投入镶黄旗。马齐属于清朝入关后第二代满族贵族，自幼生长在以汉文化为主体文化的大环境中，受到汉文化的长期浸染，但另一方面，满族传统制度与习俗对他仍有较深的影响。

哈什屯去世时，马齐尚未成年。哈什屯之子、马齐之父米思翰在清朝平定三藩之乱期间，竭力备办军需，朝夕不懈，因疲劳过度死于任上。

马齐18岁时（康熙八年，1669年），以当时满族贵族后代中较为普通的方式“荫生”步入仕途，进入国子监读书后经过考试被授为工部员外郎。 

康熙二十六年（1687年）四月，大学士等遵旨奏举优秀官员，所举荐数人内即有时任山西巡抚的马齐 。不久，御史陈紫绶弹劾湖广巡抚张汧贪婪不法之事，康熙帝命于成龙、马齐等前往查核。张汧是由大学士明珠所保荐，此前被派去审理该案的钦差大臣色楞额，虽曾当面向康熙帝保证要尽心尽力严格审查，但奏报中惟恐累及保举张汧之人，竟然为张汧庇护 。该案经马齐等审理，根据事实和证据判按法律从事 。马齐因此声名大显，人称他是廉洁奉公，无所畏惧的清官。 该案顺利审结，为康熙于二十七年（1688年）二月罢黜权臣明珠，提供了有利条件，它实际上是康熙这一重大举措的有机组成部分。马齐以刚直不阿而深受康熙的嘉赞，同年三月升为左都御史，这是他仕宦生涯中一个重要的转折点。 

康熙二十七年（1688年），马齐官职升为左都御史，参与筹议同俄罗斯定界事宜，奏称中俄边界谈判关系巨大，其档案应当兼书汉字，有汉汉族官员参与前往。康熙二十八年（1690年）十一月又上疏称：“臣在理藩院看到理藩院所处理的事务，只是用满洲、蒙古文字。并没同时有汉文。今请......兼用汉文注册，......昭垂永久。”这两项建议都被康熙帝采纳。 

康熙二十九年（1690年），任左都御史的马齐与理藩院尚书阿喇尼一起列位议政大臣，这在清朝历史上并无先例。

康熙三十五年（1696年），康熙第一次亲征噶尔丹期间，命令马齐与大学士阿兰泰、尚书佛伦等人为首，分三班值宿紫禁城，辅佐代理政务的皇太子允礽，逐步成为康熙帝的股肱之臣。

马齐于康熙三十八年（1699年）担任武英殿大学士，开始步入仕途的高峰，康熙四十三年（1704年）七月，康熙帝御书“永世翼戴”匾额颁赐马齐。 

康熙四十七年（1708年）九月，康熙第一次废黜皇太子允礽，但随即生出悔意，想要复立。可是，他又认为如此出尔反尔大失颜面，所以有意透露出这一想法后，采取让众臣于诸皇子中推举的方式，希望众臣能保奏允礽为太子。同年十一月，康熙令全体朝臣推举太子之前，特别下谕旨让马齐不要参与这件事。然而马齐却没有服从这一旨意。在马齐与国舅佟国维的暗中倡导下，领侍卫内大臣阿灵阿、鄂伦岱等积极配合，全体朝臣共同保举皇八子允禩为太子，康熙帝的期望完全落空。康熙四十八年（1709年）初，马齐等人受到康熙的严责，马齐被革去大学士，交与允禩“严行管束”，他的三弟马武、四弟李荣保及其族人都受到牵连。这是马齐的宦海人生中第一次也是惟一一次遭受重大挫折。 

康熙四十九年（1710年）年底，被革职的马齐重新被启用。康熙五十五年（1716年）五月，康熙认为满洲大学士内没有能令汉族大臣心服的，所以仍命马齐为首席满洲大学士，兼任户部尚书。直至康熙六十一年（1722年）康熙去世，马齐的职位始终如此。 

康熙六十一年（1722年）十一月十四日，康熙去世的第二天，尚未即位的雍正命贝勒允禩、十三阿哥允祥、大学士马齐、尚书隆科多等4人为总理事务大臣。

康熙六十一年（1722年）十二月初三日，在康熙去世后第21天即“三七”之际，其灵柩由乾清宫移至景山寿皇殿。由于在此期间各项丧仪进行顺利，为此，雍正帝特嘉奖贝子允祹及允禩、允祥、隆科多、马齐等人。并恢复马齐曾被削去的世职，令世袭罔替。雍正帝的谕旨中说“马齐在此番大事中甚是勉力勤劳。他的勤劳，非寻常勤劳可比，胜于一切功绩。”不久，马齐奏请纂修圣祖实录，雍正帝随即任命他为圣祖实录监修总裁官（监修总裁官后又增加张廷玉及蒋廷锡2人）。 

参见词条：布连斯奇条约

雍正元年（1723年）七月，雍正指责以马齐为首的大学士等“不肯尽心办事”，“漫不经心”。 

雍正五年（1727年）七月，17岁的皇四子弘历迎娶马齐的侄女、李荣保之女富察氏（后来的孝贤纯皇后）为嫡福晋。

雍正五年（1727年），中俄签订《布连斯奇条约》，划定中俄中段边界，中国因此丧失了部分领土。签约期间，主管中俄交涉事务的马齐把中国大臣们的态度和意见全部告诉了（俄国代表团团长）萨瓦，作为回报，马齐曾接受过后者一千卢布的贿赂。 

雍正十三年（1735年）九月，即雍正帝去世后第二个月，马齐称病引退。

乾隆四年（1739年）五月，马齐病危之际，乾隆对他做出很高评价。在马齐病重期间，乾隆曾派御医调治，并差其弟和亲王弘昼、皇长子永璜代为看视。马齐去世后，乾隆赏银治丧，给谥文穆，数年后又令入祀贤良祠。乾隆十五年（1750年），加封号曰敦惠。 

马齐去世后，富察氏家族的亨通仕途还在延续。乾隆的宠臣，马齐之侄傅恒、侄孙福康安等人在乾隆中后期的业绩，为这本已相当显赫的满族贵族之家增添了新的光环。