明永乐初年，蒙古已明显分裂为两大部分，即西部蒙古的瓦剌和东部蒙古的蒙古本部。约1402年（明建文四年），东部蒙古的鬼力赤被拥立为蒙古大汗，自是，明王朝称东部蒙古（即蒙古本部）为鞑靼。鬼力赤称汗后，阿鲁台为其部下，任太保枢密院知院。1403年3月（明永乐元年二月），明成祖朱棣曾遣使致书鬼力赤及阿鲁台等诸大臣，要求“可汗遣使往来通好，同为一家”。

同年8月（明永乐元年七月）、1404年5月（明永乐二年四月）、1406年1月（明永乐三年十二月）、1406年4月（明永乐四年三月）、1407年11月（明永乐五年十月），明成祖朱棣前后数次派出使臣要求与蒙古通好，可鬼力赤一概不予理睬，有时还拘留使臣。在此期间，阿鲁台却多次向明使表示了“归诚之心”，明成祖朱棣于1406年6月（明永乐四年五月）派出专人与之联系，阿鲁台则在1408年1月（明永乐五年十二月）遣使臣回回哈费思至明王朝进行“且奏求药”，并得到了满足。

1407年（明永乐五年），鬼力赤被传非元裔，引起部下不满，为部下所废。1408年（明永乐六年），鬼力赤被阿鲁台等所杀。同年冬，本雅失里被拥立为蒙古大汗，阿鲁台为太师。至此，阿鲁台、马儿哈咱、脱火赤等组成了新的统治集团。

1409年（明永乐七年）初，阿鲁台和本雅失里率兵出击瓦剌，被马哈木等击败，退走胪朐河（今克鲁伦河）。阿鲁台虽兵败，但未遭受重大打击，仍自持力强，与明王朝为敌。同年7月，杀死明使郭骥。8月，明成祖朱棣命率10万骑征阿鲁台和本雅失里。9月，丘福孤军轻进，在胪朐河上游被阿鲁台和本雅失里打败，全军覆没。1410年（明永乐八年）3月，明成祖朱棣率50万大军征讨阿鲁台和本雅失里。6月，阿鲁台与本雅失里分裂，本雅失里率部西走，阿鲁台则率部东奔。明军首战本雅失里，蒙古军大败，本雅失里仅以7骑脱走，西入瓦拉；明成祖朱棣复率兵向东，大败阿鲁台部于兴安岭。同年冬，阿鲁台被迫遣使贡马，与明王朝修好。1413年（明永乐十一年），明王朝封阿鲁台为和宁王。

1416年（明永乐十四年），阿鲁台乘瓦剌军被明军战败之机，与瓦剌开战，马哈木败亡，部众溃散，其子脱欢被俘，在阿鲁台家中充当家奴，后被释放回归瓦剌。1417年（明永乐十五年），瓦剌部在兀古者河大败阿鲁台部。1419年（明永乐十七年），阿鲁台出兵瓦剌，大败瓦剌太平部。阿鲁台以从顺的姿态结好明王朝，本是权益之计，当其势力恢复之后，便不愿再受明王朝的羁绊。1421年（明永乐十九年），与明王朝失和，并驱骑南下。1422年（明永乐二十年）春，阿鲁台挥兵大举攻入兴和。明成祖惟恐阿鲁台势力扩大。遂于1422年（明永乐二十年）、1423年（明永乐二十一年）和1424年（明永乐二十二年）3次率大军亲征阿鲁台。阿鲁台则采取迂回战术，避不决战，不与明军直接对垒，尽管如此，阿鲁台的实力仍受到很大消耗。此时，瓦剌部正在迅速扩张实力，马哈木之子脱欢经过几年的休整后，实力大增。1423年（明永乐二十一年），乘机攻打阿鲁台，大败阿鲁台所部。阿鲁台部署离散，势力大为衰落。

1425～1426年（明洪熙元年至宣德元年）间，阿鲁台拥立阿台王子即汗位（即阿岱可汗）。但此时的大汗，已经无权与明王朝交往，完全成为傀儡。

1428年（明宣德三年）以后，阿鲁台所部西迫于瓦剌部的威胁，东受兀良哈三卫的压力，南迁至明宣府以西的大同、宁夏、甘肃边外一带驻牧，并零零星星地寇扰明边。1431年（明宣德六年）初，阿鲁台与瓦剌脱欢部进行大战，阿鲁台败北，所部2000人马驻牧于集宁海子西北岸，其统治已经陷于瘫痪状态。

1432年（明宣德七年），福余等三卫企图乘虚攻掠阿鲁台，被阿鲁台所败；同年冬，阿鲁台率众东行，鼓勇进攻三卫，站住了脚根。1433年（明宣德八年）3月，阿鲁台使臣自辽东入贡，一反多年中自大同、宣府入境的惯例，引起明王朝边臣的警惕。然而，阿鲁台其部下人穷马困无衣无褐，降明者接踵而至，阿鲁台所部已是日薄西山，无力继续控制局面了。

1434年（明宣德九年）3月，瓦剌脱欢所立脱脱不花可汗率众袭击阿鲁台，杀掠他的妻子部落，阿鲁台与失捏干等率残部13000人徙居母纳山、察罕脑包（今内蒙古自治区西部乌拉山一带）等处。同年8月，瓦剌脱欢出兵给予阿鲁台最后一击，阿鲁台、失捏干被杀，部署溃散，其所立阿台汗等残部百余人遁往阿察秃之地。

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