清兵定都北京后，启用明朝旧臣，他屡接诏书。于１６４６年（顺治三年）正月应诏到北京上任。历任内翰林国史院编修、礼部会试副主考官、侍讲学士、内翰林国史院侍讲学士、秘书院掌院学士、吏部右侍郎、翰林弘文院大学士、吏部尚书等职。

１６５５年（顺治十二年）５月免去吏部尚书之职，回弘文院加少保兼太子太保，不久调任秘书院大学士。１６５７年（顺治十四年）一品考绩期满，升少傅兼太子太傅，诰授光禄大夫。翌年８月，清廷改院为阁，以少傅、文华殿大学士兼管吏部尚书之职，参谋朝廷机要事宜，其权势在一人之下万人之上。对朝廷谠论，常为皇帝所采纳，其文章与诗词、歌赋尤为顺治所赏识，不仅是顺治帝言听计从的宠臣，也是文墨挚友。顺治帝晚年迷于佛学，他上疏劝谏，失去了顺治的信任。他的反对派乘机以打击同僚、贩买私盐等罪名上疏弹劾他，顺治帝将他调吏部铨叙部。

１６６０年（顺治十七年）３月２０日，顺治当众宣读了弹劾他的奏疏，想让他承认错误，以图和解，他却暴跳如雷，竭力争辩。顺治大怒，将他置于法司，从宽免死，家产之半入旗，不许回籍，其亲朋故旧皆受株连。他从此一病不起，于１６６１年（顺治十八年）１２月２０日辞世，寄厝于北京西直门外。

１７０６年（康熙四十五年），康熙帝准其归葬。同年９月，刘氏亲族将其灵柩运回安丘城，重新安葬于城东北的刘氏祖茔内。

乾隆帝登基后，平反昭雪清初的冤假错案，认为他仕清以来清正耿介，政绩卓著，之所以被罢官削籍，是朝廷内派系斗争所致，无反清罪行，又是顺治帝亲政以来多年的宠臣和诗友，故于１７３７年（乾隆二年）正月降旨定他为顺治帝祀庙的配享。同年２月，又降诏恢复原职，诰授光禄大夫、少傅、大学士，其长辈俱受赠，晚辈皆得荫。