孙仲德出身于贫农家庭，少年入私塾读书，后因家贫辍学到商店当学徒。青年时考入直系军阀保定营军校，1927年参加国民革命军，后任合肥县三河镇商壮队长，通过表弟颜文斗（中共合肥中心县委负责人之一）的关系，与中共合肥中心县委取得联系，利用其公开身份秘密组织“舒（城）、庐（江）、合（肥）地区赤卫互济会”，任互济会主任，发动贫苦农民抗租、抗税，积极配合中共地方组织开展革命活动。

1934年6月加入中国共产党，任肥南区委书记。1935年任中共皖西北特委委员和游击师师长，率师活动在合肥、舒城、庐江、寿县、定远等广大地区，进行数百次战斗。1936年到长江黑沙洲一带开展芜湖、无为、繁昌三县的中共组织建立工作，发动农民建立和发展革命武装。1937年被派往延安，向中共中央报告情况和请示工作，同年7月入抗大系统学习马列主义理论。1938年回皖，先后任新四军江北游击纵队司令员、新四军七师参谋长、华东野战军先遣纵队司令员、皖北军区第二副司令员等职。1943在任和（县）含（山）地委书记、和含支队长期间，率队开辟皖江根据地，并为之巩固和发展进行英勇顽强的斗争。1947年底，根据粟裕和唐亮的指示，他和梁从学率领华东野战军第四纵三十三团及干部大队，深入淮南地区恢复党的组织和武装，开辟和扩大革命根据地。他参加淮海战役以后，立即到沿江一带组织民工、筹措船只和粮草，为人民解决军渡江作了大量的战前准备工作。1949年，他出席了中国人民政治协商会议一届一次会议，并参加开国大典。

建国后，历任安徽省民政厅厅长、政协安徽省委员会副主席、上海第二医学院党委书记兼院长、中共安徽省委常委、安徽省副省长等职。1961年11月4日在合肥病逝。