1914年5月28日出生，达州市达川区沿河乡人(原双河乡）。达县中学毕业后从军，先后在海军军官学校23班、陆大参谋班7期、圆山干训班7期、圆山军官团高级班第2期，高级兵学研究班第2期，海军指挥参谋大学第4期及三军联合参谋大学正规班第2期等校班毕业。海军电雷学校第一期毕业。（这个电雷学校是蒋介石为了培养自己的海军干部以与闽系抗衡,在军政部下自设与原海军系统无关的海军学校）后赴美国、德国学习。经进修后，抗战初期任鱼雷快艇艇长,于长江中、下游抗击日军侵略，1944年赴美接舰参战，即历史上的所谓八舰，这位电雷系出身的嫡系海军以30岁之龄出任护航驱逐舰“太康”号的副长。历任国民党海军各型鱼雷快艇艇长、布雷队长，永泰、太康军舰舰长，舰队参谋长、司令，海军总司令部参谋长、副总司令兼海军舰队指挥官及海军六二特遣部队指挥官、海军总司令，国民政府国防部副参谋总长执行官、参谋总长，总统府参军长，中华民国驻土耳其共和国特命全权大使。后复任民国总统府参军长、全国体育协会理事长、总统府战略顾问。黎玉玺由海军少尉升至海军一级上将，先后获国民政府奖章10枚、勋章12枚、外国赠勋10枚。黎玉玺于1933年加入中国国民党，曾任国民党中央委员会委员、常委。

归国后不久，调任巡逻舰“永泰”舰舰长。据其回忆录称，1946年月到1947年11月，率舰在渤海、辽东一带巡弋，搜攻中共船艇。在不到一年时间里，一共俘获解放军轮船和机帆船七艘、击毁敌五十吨至千吨级机动轮船七十五艘，帆船数百艘，使敌之海上交通陷于中断。此外，1946年9月，率舰在庙岛附近发现共军炮艇三艘，最大者约二百吨。亲冒矢石奋勇杀敌，敌三艘炮艇二沉一翻，全军尽没。

除了在截断共军海上交通线方面战功累累以外，还多次参加支援陆军作战，以其三吋舰炮屡创战争史之奇迹。1947年9月21日，配合陆军整编第八旅扫荡龙口。“永泰”舰以主副炮猛烈轰击敌军炮兵阵地。数日后接获情报，炮击时炮弹均落街内，房屋大部破坏。10月5日，参加攻击威海。“永泰”舰之三吋大炮射击至为精准，每三发就有两发径射入敌之钢筋水泥机枪工事射口，可谓百发百中。海军司令桂永清将军闻报后大为惊喜，特自旗舰发电嘉奖。10月6日，奉命驰援营口。“永泰舰”以炽烈炮火支援陆军。共军在海上火力打击下伤亡惨重，突入之敌几尽全歼，共被击毙第三师师长黄子祥以下二千余人，第一师师长与炮兵团长负重伤。（这个第三师师长黄子祥是谁？解放军军中是有个黄子祥，陕北红军出来的，也确是师一级军官，但是1949年他还在陕北任职，似乎不太可能会死在营口）。1948年8月，调升“太康”舰舰长。奉命率舰参加锦州-葫芦岛作战，支援陆军十七兵团侯镜如部进攻塔山。在黎舰长的指挥下，太康舰的三座三吋主炮大显神威。炮击共军打鱼山阵地时，在九千码距离上弹无虚发。共军伤亡惨重，据说曾有一个整排被太康舰的一发炮弹炸得尸骨无存。

黎玉玺官运亨通，据说有一段故事：1949年春，蒋介石撤台前，曾经搭乘太康舰在上海附近指挥作战，当时的舰长正是黎玉玺。在舰上生活期间蒋每一次有事要找舰长时，黎舰长都会回答一句：“玉玺在。”老蒋当时正是下野之身，闻听此言自然大觉吉利，自此黎玉玺便官运亨通。在林遵起义之后，他便于1949年5月2日接任第2舰队司令一职务。据其回忆录称，生平最敬仰者，惟英国海军名将霍雷肖·纳尔逊勋爵一人尔，而他的战绩也不比纳尔逊差，据其回忆录所列，1、民国四十四年（1954）二月十八日，台山列岛海战大捷。击沉共军大型炮艇6、登陆舰8、武装机帆船8。说这话的人叫迟孟斌，台山海战大捷时为护航驱逐舰太康舰舰长，国府海军中数得着的炮术专家。这段话摘自对岸编的《中央研究院近代史研究所口述历史丛书68-迟孟斌先生访问记录》）。另据空军报，击沉共军潜艇一。2、民国四十七（1958）年六月十九日-二十二日，在闽江口击沉共军鱼雷艇6艘。3、民国四十七（1958）年金门八二四海战。达成运送八英吋巨炮任务(轰雷行动)，为该海战关键人物之一，击沉共军鱼雷艇10艘、击伤5艘，俘获共军3名。（解放军此战一共出动6艘鱼雷艇，以战沉一艘的代价击沉对方一艘4000吨的补给舰）4、民国四十七（1958）年金门九二海战。击沉共军鱼雷快艇3艘、大型炮艇8艘，击伤敌炮艇2艘，是为台山列岛大捷后的又一次空前大捷。仅以上四战合计，被击沉的的共军舰艇即在50艘以上。再加上数年间的无数次小规模交战，黎将军一生击沉的共军舰艇当在百艘之上。因此赫赫战功，他于1959年2月，升任伪中华民国海军总司令，同年7月，晋升海军二级上将。之后再于1965年7月升任伪国防部参谋总长。该参谋总长任期于1967年6月结束。1967年7月任伪总统府一级上将参军长。1970年6月，任驻土耳其大使。1973年7月，回任伪总统府参军长。1978年5月，任伪总统府战略顾问。2003年黎玉玺罹患肺癌，引发呼吸衰竭，于二月十九日上午病逝三军总医院，享寿九十岁。葬于五指山国军公墓上将二区。