受在校任教的早期中共党员胡允恭的影响，于1929年参加青年团组织。后因家贫辍学，在家边学中医边种田。1935年，接受地下党员张如屏指派，以帮小甸集方家祥家开中药店为掩护，为家乡的地下党组织收集情报传递信息。1937年9月，孙祝华加入中国共产党。1938年初，参加曹云露、张如屏组建的皖北抗日游击支队，任指导员兼随军医生，转战于寿县、凤阳等地。同年6月，抗日游击支队改编到抗日人民自卫军方和平领导的大队中，组织决定孙祝华留在其家乡杨庙地区发展党组织，先后担任中共河东区委委员、中共杨庙区委书记等职。1940年3月，孙祝华奉命撤退到淮南路东藕塘抗日根据地，后到淮南游击大队任政委。

1942年10月，孙祝华被派回淮西家乡开展抗日游击斗争，建立抗日游击政权。担任寿东南抗日根据地寿四区区委书记，后兼任寿县县委民运部部长。主要活动在今长丰县杨庙、吴山一带。期间，孙祝华在杨庙西南5华里的河豸铺开了一个中药铺，以行医卖药为掩护，走村串户活动在敌人的心脏地带，既为新四军收集了大量重要情报，又为抗日斗争筹集了大批经费。

解放战争时期，孙祝华受寿六合霍中心县委指派，到淮南路东的埠里、造甲一带发展党组织，建立游击队武装，开展敌后斗争，先后担任淮东工委书记、肥北工委书记。1947年增补为中共寿六合霍县委委员并兼任县委组织部长。1949年2月，调任寿合县副县长。

新中国成立后，孙祝华历任皖北直属医院政委、康复医院政委、安徽中医学院副院长等职。1979年离职休养，享受副厅级待遇。1987年4月在合肥病世。