与樊锥同学，均系前清拔贡。戊戌变法时，湖南巡抚陈宝箴，锐意维新，兴办时务学堂、南学会、时报馆等。谭嗣同、梁启超、熊希龄、陈三立、唐才常、樊锥、石蕴三等参与其事。变法失败，陈宝箴等革职，石等被通缉，与樊锥匿处山间得免。光绪二十六年(1900)八月参与唐才常为首的汉口起义遭追缉，避难上海，得蔡锷资助，于二十九年(1903)留学日本，初入弘文师范，后入法政大学。三十一年(1905)2H入同盟会，曾自名“苍石”，以示反清之志，如石之坚。返国后，任船山学社社长，组织湘学会，鼓吹革命，策动学生反清。三十二年(1906)在长沙与谭心休，马邻翼等创办驻省邵阳中学堂，他任教务长，并在禹之谟创办的唯一学堂(广益中学前身)兼课。后因禹之谟入狱，避难上海，授学于中国公学。宣统三年(1911)广州起义失败，黄花岗七十二烈士殉难，他义愤填膺，不怕杀头，奋笔疾书挽联一幅：

鲁仲连，义不帝秦，君不爱民民爱国；屈大夫，魂游列楚，生者如死死如生。

辛亥革命胜利后，黄兴、宋教仁、李燮和等均劝其入仕，由湖南都督谭延闽资送北京观政，熊希龄、梁启超先后保荐，辞不就职。民国4年(1915)袁世凯称帝，蔡锷由云南起义，他先一年返湘，佐刘人熙联桂应滇以反袁。次年，刘人熙一度任湖南都督，他主机要，保送入京，谒总统黎元洪，发交国务院任用，他婉言拒绝。民国6年(1917)，范源濂任教育部长，聘他任总纂，著《老学今诠》、《政谈续》、《燕尘录》。后应船山学社同人请，归任社长和湖南大学教授。著有《说诗解颐》、《尚书今文通释》、《易象的哲理观》、《曲台十论》、《说文匡邪》、《老墨管学今诠》等书在上海出版。“一二八”事变，石在上海的著作版本，遭日本飞机轰炸烧毁，无一幸存；存于湖南的，也被焚于民国27年(1938)的长沙文夕大火。