清光绪二十五年(1899年)出生于万安乡下镇村的一个小富家庭。父亲谢玉珍，与广东人合股经营“广福隆”油盐杂货店。

谢秉琼于上杭中学毕业后，考入福州甲种工业学校，不久转到上海自治讲习所学习。民国10年(1921年)毕业后，回乡任武平县第一高等小学教师。民国11年又进上海大学读书。民国13年在该校加入中国共产党。民国14年到广州，出任国民政府劳工部秘书、中共福建会馆支部书记。

同年12月，谢秉琼在中山大学法学院召集30多位汀州进步人士开会，创办《汀雷》杂志，并被推为主编。民国15年3月25日第一期《汀雷》面世，谢秉琼作发刊辞。《汀雷》每期印1000份左右，寄回汀属各县，发往全国各地，给沉睡的汀州群众，传播革命思想，先后共出版9期，12月15日停刊。民国15年(1926年)谢秉琼受中共两广区委派遣回到闽西，一面开展党的工作，一面协助策动北洋军曹万顺反正。谢秉琼还主持长汀、上杭、武平、永定四县国民党部与民众团体代表联席会议，成立长杭武永政治监察署，并任监察专员。民国16年2月改任汀属八县政治监察署专员。3月创办汀属八县社会运动人员养成所，并任所长，林心尧为训育主任，陈铁生为教务主任，傅柏翠为总务主任。3月26日养成所在上杭北门开学，学员164人，都是汀属各县选派来的共产党员、共青团员和进步分子。养成所仿效广州农民运动讲习所及海丰农民运动讲习所的学习内容对学员进行培训，为期一个多月。

这期间，谢秉琼指导汀属各县建立共产党、国民党组织，发展农会、工会、学生会、商民协会、妇女会等群众团体，开展反帝、反封建、反对军阀残余势力的斗争。民国16年(1927年)3月，监察署发动上杭城郊数千农民驱赶反正后驻上杭无恶不作的卢明凤、田德胜两个营。在国民革命军第一游击司令部司令蓝玉田的支持下，卢、田两军狼狈逃窜。

同年5月7日，上杭国民党右派发动暴力“清党”，封闭监察署、养成所、工会、农会及其他群众团体，捕杀共产党员和国民党左派。当晚谢秉琼带着林心尧逃到万安下镇村自己家中。将林藏在他家杂货店里，自已躲在家中。第二天晚上，蓝玉田部独立连连长王光烈带人搜查谢的住家和杂货店。谢听到狗叫即从屋顶爬出脱险，林被逮捕(后遭杀害)。

民国16年(1927年)，国民党右派背叛革命，公开屠杀共产党员和革命分子，全国处于白色恐怖之中。谢秉琼逃到武汉。冬，蓝玉田被长汀军阀郭凤鸣击败，撤到漳州，投靠张贞。谢秉琼从武汉来到漳州，出任国民党龙溪县党部主办的《漳潮日报》总编辑。

民国19年(1930年)4月，谢秉琼病死于厦门，时年31岁。