许崇灏1882年(清光绪八年)农历四月十八日生于北京，清赣省洋务局会办许炳暐之子。他初毕业于弁目养成所，后又毕业予江南陆师学堂步兵科，历任清江南陆军第九镇步兵第三十六标第一营队官、第三营管带。1910年由当时在科学补习所认识的黄兴、宋教仁、欧阳振声三人介绍，参加了同盟会。

辛亥革命前夕，他与驻镇江城外第十八协第三十五、三十六标的管带林述庆、刘成、端木璜生等人联络，宣传革命，积极组织镇江新军反清武装起义。辛亥年夏，两江总督张人骏出令迫缴第九镇各营全部子弹，并令张勋的江防营及巡防营分布镇江附近，使新军处于被包围之中。新军群情激愤，谋变之心更激。11月3日，上海光复，崇灏急派士兵化装成工人赴沪领取子弹。11月4日晚，第三十五、三十六两标全体官兵在离镇江五里的京蚬出宣布起义，林述庆被举为司令，崇灏任参谋长。起义军包围镇江城，该城不战而降，都统福某畏罪吞金自杀。新军入城尽缴旗兵枪械，收编巡防营及江防水师。武昌首义后，驻武汉的海军舰队企图沿长江逃跑，起义军在镇江发炮制止。崇灏乘汽艇上镜清旗舰与统带守蔚晤谈，得舰中学员武力胁迫，守同意反正。同时反正舰艇有镜清、保民、楚观、江元、江享、建成、通济、楚同、楚泰、飞鹰、楚濂、虎威、江平及渔雷艇等14艘。瓜州长江水师总兵所辖炮艇百馀，及扬州辑私统领徐宝山也宣布投诚。

11月11日，上海都督陈其美提议组织苏浙沪联军到镇江集中，并举徐兆桢为联军总司令。13日，徐在镇江召开军事会议，决定兵分四路攻打南京，中路浙军由紫金山南攻朝阳门，南路苏军攻雨花台聚宝门，北路淞军攻沿江各小炮台，镇军由紫金山北攻天宝城太平门。镇军林述庆将出发军队编成三个支队，许崇灏统第一支队，与第二支队沿铁路西上，第三支队会水师渡江西进。苏浙两军进攻失利，后取崇灏建议，30日晚联军分数路进攻紫金山。经数小时激烈战斗，12月1日黎明攻占天堡城，敌退入南京城顽抗，崇灏踞尧化门藤子树高地炮轰南京城。总督张人骏、将军铁良、江防营统领张勋弃城而逃。2日，南京光复。崇灏被任命为南京临时卫戍司令兼第一独立混成旅旅长，设司令部于两江师范学校(即后来中央大学)。

1912年1月1日孙中山在南京组织临时政府，就任临时大总统。3月10日袁世凯在北京就任临时大总统。3月12日袁世凯任黄兴为南京留守，崇灏任留守府处长。4月南京临时政府迁往北京。

讨袁军起，黄兴任江苏讨袁军总司令，崇灏任参谋长。讨袁失败，黄兴星夜离开南京，崇灏亦逃亡上海。

此后，灏崇辗转至广州，跟随中山先生左右。1916年在广东肇庆曾任两广护国军都司令部参谋。1917年在西安任陕西省长公署参议。1918年至1920年在广东任粤赣湘边防督办参谋长兼粤汉铁路督办，后又任粤汉铁路总理兼护路司令，整顿粤汉铁路。

1922年孙中山先生委许崇智为东路讨贼军总司令，崇灏在前敌总指挥部任参谋长、东路讨贼军左翼纵队指挥。1923年，在广东任孙中山大元帅府参议。时孙中山等国民党人从战争失利的教训中总结出必须改造旧军队，厉行“以党治军”，要求崇灏提出一个练兵、准备北伐的计画。崇灏赞同苏俄顾问提出的创办黄墒军校的建议。据崇灏回忆，当时孙中山曾指定许崇智担任校长，崇智推辞，并举蒋介石担任。崇灏力劝无效，黄埔军校遂被蒋竹为培植个人势力的营垒。1924年底孙中山先生应冯玉祥等邀请到北京商议国事，北上不久，遂患肝癌，崇灏由粤赶赴北京铁狮子胡同孙先生行辕探病。中山先生去世后，崇灏护送灵柩至太和殿受祭，再送碧云寺。

1923年冬，许崇智任建国粤军总司令，崇灏任顾问。后因许崇智被蒋介石武装胁迫离粤，解除军职，蒋从此得势，崇灏亦同时被贬。从1928年至1941年他在南京、重庆等地任国民政府考试院秘书、秘书长。因刚直不阿，嫉恶如仇，被戴季陶排挤退职。1943年至1946年复在重庆、南京任国民政府委员、国府顾问等空头闲职。1946年退休，弃政从文，主持《新亚细亚学会》，著书立说。

1949年，上海解放后，历任上海市文史馆馆员、市参事室参事、市政协委员、民革中央团结委员。

1959年在沪病逝，享年78岁。