野心家白赖仁(李子雄 饰)为了实现控制人类的梦想,派出手下甲贺忍者领袖虎大介追杀菊池博士,成功抢走了他身上的“赤盒”----一个收藏着菊池发明,可以抵抗任何病毒的药苗“人类”之小盒子! 菊池死后,白赖仁才发现世上只有一个叫高比(黄子华 饰)的潦倒音乐家才拥有打开“赤盒”之能力,遂派虎大介生擒高比,另一方面,菊池徒弟伊贺女忍者香也发誓要完成师傅遗愿---“杀高比”,而另一边,伊贺派芭蕉先生却派爱徒小灵(黄圣依 饰)保护高比,免落入坏人手上。 三路人马碰头,展开龙争虎斗,高比夹在当中,叫苦不已。最后小灵趁着虎大介对香手下留情的刹那机会,带着二人杀出重围,逃回雾隐村。原来香和虎大介是青梅竹马恋人,碍于门派斗争,有情人难成眷属。香唯有暂在芭蕉家养伤。 芭蕉决定冒险潜入白赖仁总部盗取“赤盒”,谁料中了反间之计,连累村民惨遭大屠杀,最后死在虎大介手上。结果高比挺身而出,大呼若不停止杀人,便自刎当场。 高比被押回白赖仁总部,竟无意中以一曲将“赤盒”成功打开,原来当日菊池被此曲吸引,遂以此作为钥匙。 小灵、香杀进白赖仁总部,一场激战之后,尽杀白赖仁及其党羽,救出高比及夺回“赤盒”,而二女也运用易容术互调身份之苦肉计,令虎大介上当---当他惊觉伤在自己手上的竟是香时,即被香以剩余之最后一口气用刀刺入自己身体……但香眼中亦同时流下两行情泪……