保生大帝是海峡两岸民众共同信奉的医神，千百年来，这位医神庇佑着海峡两岸万千生灵。热情、善良的村姑三红在祭祀保生大帝的仪式中遇到了化身为凡人的保生大帝——吴夲。可是，为当地百姓免费治病赠药的吴夲却得罪了本地医官任二举，被时为地方医馆的二举打上门来。正在二人纠结之时，由瘟君派出的黑龙白虎下界作怪，后被吴夲施展法术打伤败逃。三红也因此认出了吴夲是保生大帝的神仙身份，执意要嫁他为妻，无奈吴夲并无此意。被打败的黑龙白虎受了重伤被瘟君赶了出来，吴夲以德报怨收留他们，为其治病，二兽感恩图报，幻化成人形投靠在吴夲门下。

任二举负伤无人能医，只得请来吴夲，吴夲要求任二举伤愈之后不得再做官。任二举为了可以得到吴夲的治疗，骗吴夲可以不做官。三红带吴夲回家探望父亲，却发现父亲昏倒在地。吴夲再为其父医治的过程中，中了瘟君的奸计，吴夲为救三红爹，被此时赶到要带走吴夲的李天王的宝塔打晕。