蒋介石让卢汉指挥“整肃”，同时要求与毛人凤采取统一行动，明示杨杰是头号重点。卢汉回到昆明，立即通知杨杰化妆飞香港。通知杨青田、张天放等人躲避。在“九.九整肃”中被捕的有四百多人。毛泽东说，要正告卢汉，被迫无奈抓了人就先关着，不能开杀戒。卢汉命令警察局长、宪兵团长确保政治犯的安全。后来，卢汉请李宗仁批准释放。