民国初年，燕子门新燕子李三第十二代掌门人李耀被叛徒出卖，落入宛城巡防长官虞大寿之手，虞大寿为防李耀逃跑遂将其大筋挑断。

街头闹市，说书艺人"铁嘴霸王"正慷慨激昂地讲述大名鼎鼎的江湖好汉燕子李三的传奇故事，听众中，一个衣衫褴褛的小男孩听得格外出神。不料，书场被虞大寿带兵查封，小男孩奋起反抗却被虞大寿打翻在地。

燕子李三行刑这一天，沿途挤满了送行群众。李耀师弟李显带着众徒弟混杂在群众中伺机而动。这时，小男孩捧着馒头冲到囚车旁给老燕子李三送行。虞大寿见又是小男孩来捣乱不由大怒，鞭打小男孩，现场陷入混乱之中。李显见状趁机动手，将囚车劫走。逃亡中李耀不幸中枪，死于非命。

李显徒弟李云飞和李云馨撤退时，被小男孩紧随至客栈，小男孩儿自述对燕子李三的崇敬，向李显磕头拜师。李显因无法考察其来历，在小男孩磕头之际带着云飞云馨悄然离去。

李显得知李耀所携掌门信物"燕子金镖"被虞大寿高悬于城门之上，以诱捕燕子门师徒。明知是圈套，李显却仍要将掌门信物夺回。他自己引开埋伏的部队，派云飞和云馨去拿"燕子金镖"，不料虞大寿早有准备，云飞和云馨陷入困境。关键时刻，小男孩挺身而出，协助云飞拿到了"燕子金镖"。

小男孩再次拜师，向李显讲述了他的凄苦身世，原来虞大寿与他有杀亲之仇，他为报仇一心想拜在燕子门下。李显感叹小男孩的胆识，一摸骨相，发现是块练轻功的好材料，遂在客栈将其收入门下，为他取名"李云龙"。

为了引开虞大寿派来的追兵，李显与众江湖人士进行了一场殊死搏斗，不幸在打斗中身负重伤，危难中被日本医生五咸长满所救。李显伤愈后应允为五咸办三件事以报答其救命之恩，并留下三枚黑色燕子标志作为凭证。

一晃数年，燕子门新燕子李三第十三代弟子李云飞、李云馨、李云龙都已长大成人，新一代燕子三杰重出江湖。