因为国民党在鲁南会战的失利，武梦祥的身份遭到怀疑，他被安排到重庆警备区当司令，同时，对他的调查也悄悄展开了。鲁南会战的失利使得国民党的高层到处忙着找替罪羊，同时，他们又开始争起了战略司司长的位置。1947年3月，胡宗南部集中兵力进攻陕甘宁，占领了延安。6月，山东的解放区遭到超过60万国民党军队的围攻，损失惨重。在这紧要关头，一个被俘的李姓军医竟指认武梦祥是共产党派来的间谍。