李言闻悲愤之极，进京求见蒋太后面呈李时珍的案情。嘉靖知道后命冯天驭重审此案。严嵩授意严世蕃将罪过转嫁到荆王世子朱成翊的身上。嘉靖果然上当，以为朱成翊是幕后黑手。太后暗示要杀一儆百，打击藩王，以稳朝政。嘉靖判朱成翊极刑。

之后，嘉靖还派大太监崔方赴灾区慰问，并奖励李言闻家救灾有功。李言闻表明应该得到皇上奖赏的是李时珍的师傅华南。崔方见到华南时不由得大吃一惊，原来华南就是当年被宫廷追杀的太医吴浩然。崔方顿生杀机。华南自知难逃一死，便支走李时珍，临别前嘱咐李时珍要完成他重修本草的愿望。