该剧采用宋代、清末和民国三个历史阶段的创作形式，以一部金字大藏经的命运为贯穿，反映了千年敦煌的形成、发展、辉煌、衰败、重生的过程。《大敦煌》以敦煌“藏宝、夺宝、护宝”三个颇具神秘传奇色彩的故事搭建了敦煌文化辉煌、劫难、重生的三部曲结构。